L'organizzazione del Sistema Bibliotecario è descritta negli artt. 20-24 del Regolamento Generale di Ateneo. 

Dal 01/07/2025 a seguito del riassetto organizzativo dell'Ateneo, lo SBA è definito Cluster, vale a dire una struttura amministrativa-gestionale caratterizzata da elevata trasversalità, con conseguente afferenza a due divisioni, in particolare: Divisione Valorizzazione della Ricerca (afferenza prevalente ai fini amministrativi) e Divisione Didattica e Internazionalizzazione. 

Il cluster è articolato sulle tre sedi operative ma con un coordinamento unico a livello centrale. 

La Responsabile del Sistema Bibliotecario di Ateneo è la dott.ssa Katia Milanese. Il coordinamento centrale ha la sua sede operativa a Novara, presso il Campus Perrone. 

Le Biblioteche che lo compongono sono 3, una per ciascun Polo Universitario (con due centri di servizio ad Alessandria):

• ad Alessandria la Biblioteca del Polo universitario di Alessandria - Sede Borsalino "Norberto Bobbio” e Sede Orti  
• a Novara la Biblioteca del Polo universitario di Novara "Rita Fossaceca"
• a Vercelli la Biblioteca del Polo universitario di Vercelli

La Commissione di Ateneo per le Biblioteche è un organo collegiale e ha funzioni di indirizzo scientifico e organizzativo dello SBA. 

I Consigli di Biblioteca hanno funzioni di indirizzo scientifico e gestionale di ciascuna Biblioteca.