L'organizzazione del Sistema Bibliotecario è descritta negli artt. 20-24 del Regolamento Generale di Ateneo.
Dal 01/07/2025 a seguito del riassetto organizzativo dell'Ateneo, lo SBA è definito Cluster, vale a dire una struttura amministrativa-gestionale caratterizzata da elevata trasversalità, con conseguente afferenza a due divisioni, in particolare: Divisione Valorizzazione della Ricerca (afferenza prevalente ai fini amministrativi) e Divisione Didattica e Internazionalizzazione.
Il cluster è articolato sulle tre sedi operative ma con un coordinamento unico a livello centrale.
La Responsabile del Sistema Bibliotecario di Ateneo è la dott.ssa Katia Milanese. Il coordinamento centrale ha la sua sede operativa a Novara, presso il Campus Perrone.
Le Biblioteche che lo compongono sono 3, una per ciascun Polo Universitario (con due centri di servizio ad Alessandria):
- ad Alessandria la Biblioteca del Polo universitario di Alessandria - Sede Borsalino "Norberto Bobbio” e Sede Orti
- a Novara la Biblioteca del Polo universitario di Novara "Rita Fossaceca"
- a Vercelli la Biblioteca del Polo universitario di Vercelli
La Commissione di Ateneo per le Biblioteche è un organo collegiale e ha funzioni di indirizzo scientifico e organizzativo dello SBA.
I Consigli di Biblioteca hanno funzioni di indirizzo scientifico e gestionale di ciascuna Biblioteca.